1、微生物修复：利用微生物的降解作用去除水体中的有机污染物和部分无机污染物。可以通过投放微生物制剂或构建生物膜等方式来实现。生态系统重建 生态缓冲带建设：在河湖两岸建设生态缓冲带，包括人工湿地、植物防护带等，可以有效拦截和净化进入水体的污染物，同时为生物提供栖息地。
2、生物工程法：生物工程法是利用生物手段对河流进行修复，这可能包括引入或增加特定的水生植物和微生物种类，以提高水体的自净能力，并促进生态系统的恢复。
3、利用生态技术控制藻类，通过调整鱼群结构、捕食和分解丝状蓝绿藻等方法。最后，使用有益微生物控制藻类生长，填充大量有益微生物，捕食和分解藻类，净化水质。超声波除藻技术则利用超声波破坏藻类液泡，使它们沉入湖底分解。
4、三是生物一生态方法，如放养控藻型生物、构建人工湿地和水生植被.这是当前的研究热点。对自然修复的分析有三种方法：经验性分析.一维沉降分析.二维污染物迁移分析。还可以通过定性的模拟污染物对水体的影响.加深人们对例如光合作用、呼吸作用及物质循环等过程的深刻了解.从而更有助于生态的自我修复。
5、而淤泥清淤和湖底岩石结构修缮可以有效地改善湖泊环境，促进自然生态系统的恢复和改善。非工程措施则包括限制放牧、禁止机动船只通行、水质监测等。限制放牧可以有效避免畜牧业对湖泊周边环境的破坏，禁止机动船只通行可以减少湖泊受到震荡的影响，保护湖泊周边生态环境。
