1、制药企业污染严重的原因主要有以下几点：制药工艺产生的废弃物 制药过程中涉及大量化学和生物反应，会产生许多废弃物。这些废弃物包括化学原料残留、溶剂残留以及微生物发酵产生的废物等。这些废弃物如果未经有效处理，会排放到环境中造成污染。
2、第一，企业社会责任感缺失，对于排污治理的重视程度不够，环保问题实际上是社会责任的问题，是企业在生产经营过程上必须要承担起来的责任。
3、据悉，原料药是整个医药产品中污染最严重的产业。作为污染大户，制药行业的环境污染问题与其发展特殊性有着密不可分的关系——我国是化学原料药生产大国，尤其是发酵类药物产品的产能产量位居世界第一。
4、发酵制药的污染相对较轻。当然企业已经搬了，就不存在废气的问题了。主要是地下水污染问题、土壤污染问题。有一些物质可能残留在土壤和地下水中。缓慢释放。也和企业在运行是否有跑冒滴漏有关系。
5、尤其是化学原料药的生产属于污染大户，产生污染的原因是化学合成工艺比较长，反应步骤多，在原料的组成中，组成化学结构的原料只占原料消耗的5%~15%，而辅助性原料等却占原料消耗的绝大部分，而这些原料大部分转化为“三废”。改进工艺技术，开展辅助性原料再利用研究，是减少环境污染的基础。
6、如果是化学合成得到的一般工业三废是逃不掉的——废气、合成中使用的试剂原料等会产生；废水，这个毋庸置疑；废渣，一般生产当中的下脚料，废料等；如果是生物合成，可定会产生废渣。
